環境監測系統是一種智能化、自動化的系統，這也是其區別于傳統環境監測手段的一大優勢。就系統的智能化、自動化而言，其短信報警功能極具優勢。

環境質量數據瞬息萬變，通過人工主動查詢環境監測數據，已經遠遠不能滿足對環境監測的實時性要求了，為了提高對環境數據監測的力度和及時度，環境監測系統實現了通過短信報警來監測環境質量數據的功能。只要出現點位離線、某點位數據嚴重偏離其他點位數據、數據低于檢出限等異常情況時，GSM模塊就會發送短信給環境監測站的巡檢人員，巡檢人員在接收到該信息后，就可及時登入環境監測系統，進行人工介入與判斷工作。

除了短信報警功能之外，環境監測系統還可以實現手機APP報警功能來提醒人們環境質量變化狀況，保證了實時環境監測效果。