環境監測系統在長期的運行過程中，不僅要面對環境監測儀器的老化問題，突發性災害破壞問題，還要面對環境監測人員的流動問題。要應對這些問題就需要制定的一整套環境監測管理辦法和技術規范，通過制度化、文件化、體系化的建設來保證環境監測系統長期、穩定的運行。此外，環境監測站的管理人員要敬業愛崗，按制度辦事，定期對子站進行維護、校準工作，爭取把環境監測儀器的故障排除在萌芽中。管理人員作為環境監測系統管理中最關鍵的要素，要充分發揮主觀能動性，在碰到新問題時，要多向同行或者相關工程師請教，及時解決問題，并且不斷積累實踐經驗，提高環境監測水平。