環境監測系統的開發工作還包括對軟件管理問題，在這個問題上，首先，相關操作人員需要了解各個軟件的使用功能及操作方法，然后結合環境監測工作的需要選擇合適的軟件。同時，信息技術的不斷發展進步使得相應的系統及軟件更新換代的速度都比較快，要想真正應用環境監測系統來實現環境監測管理，就必須要及時對軟件進行更新。在這個環節需要重視起軟件的安全運行問題，更新是為了修補軟件漏洞，防止環境監測數據的丟失或被篡改。在現階段的信息環境下，許多環境監測系統軟件都可以實現自動更新，給監管工作提供了極大的便利。但是，相關管理人員還是應當定期對環境監測系統軟件運行狀態進行全面的檢查，給軟件運行提供基本的安全保障。