室內環境監測系統各分機與主機的通信采用相同的流程，主、分機間的數據通信采用半雙工、點對點通信，分機間互不通信。主機對分機進行輪流查詢，所有通信都是由主機先發起。輪詢方式保證了各分機運行的獨立性。若某臺分機發生故障，主機依然可以輪詢到另一臺分機并接收到該分機的數據，保證了環境監測系統的正常運行；若主機發生故障，則主機無法輪詢到各分機，分機將不啟動數據發送功能，忽略數據的傳輸功能而正常運行其他功能。同時，輪詢方式也為分機的添加或撤除提供了便利條件，方便檢測環境監測系統的聯機組網。

主、分機間的通信協議采用以下兩種方式：

一是，如果主機發送的指令僅是讀取分機當前數據和已設定參數，則在一個循環中主機單次發送指令＞分機接收指令＞分機單次發送數據＞主機單次接收數據。室內環境監測系統在1秒時間內輪詢的循環次數超過10次，因此短時間內的少數通信傳輸失敗會被多數的成功傳輸的數據所覆蓋，這種短暫性的不可靠傳輸不會影響環境監測系統的正常運行。

二是，如果主機發送的指令包含更改分機的參數或是讀取分機記錄的指令，則通信過程中都要求接收方接收后返回“數據已成功接收確認標志”，以確保數據的成功傳輸。如果單次傳輸失敗，通信發起方將重新發送命令，直到接收成功為止。

采用上述兩種通信協議，可以在保證室內環境監測系統穩定、可靠運行的前提下，減少環境監測系統因無線通信而產生的時間開銷。