目前，環境監測系統的運維大都是通過委托的方式，委托專業性的公司對系統實施運行維護工作。應用該種方式可有效解決技術力量薄弱、專業人員缺乏等問題。但是環境監測系統的這種運維方式會導致監管問題產生，因此加強系統運行管理和質量監控的規范性，加強對各個環境監測子站的運行管理工作進行嚴格監控。環境監測系統該種管理方式存在的局限性主要表現如下：

1.巡檢等現場工作的監督管理存在較大難度，無法有效實施；無法詳細了解并掌握相關環境監測儀器的實際運行狀況；

2.質量控制和質量保證時效性較低；無法對運營工作過程中產生的龐大信息進行有效匯總和分析，制約管理水平的提高；備件、備品均較為滯后，有效的管理措施相對缺乏；環境監測站工作人員過度依賴于運營商。