環境監測系統的正常運行需要有一個良好的管理體系，因為它可以為后續環境監測工作的有序展開提供一個良好的環境和方法，它還可以促進相關的管理人員和工作人員對自身的行為有一個良好的規范，并且能夠加強自身對于環境監測工作認真負責的態度。根據監測人員的工作成效建立合理的獎懲機制，也能督促監測站的工作人員努力提高自身的素質。

環境監測系統合理的管理機制要求管理人員要能夠具備認真負責的態度，做好各個子監測站的監測管理和監督工作，能夠促進每一個環境監測任務的有序完成，為環境的改善提供必要的條件。環境監測系統合理完善的管理機制能激勵工作人員不斷提升自我，還能提高環境監測工作的效率，為環境監測提供良好的制度基礎。